Il complesso architettonico della Certosa sorge all'estremità nord-orientale di Ferrara entro la cerchia delle antiche mura.
In origine situata in una zona ortiva isolata dall'abitato, fu inglobata nella città alla fine del 1400 con l'addizione erculea.

La chiesa primitiva e il monastero furono costruiti tra il 1452 e il 1461 per ospitare, su desiderio del duca Borso d'Este, l'Ordine dei P.P. Certosini, ivi insediati dal 1461 per oltre tre secoli.
La storiografia locale propone scarse indicazioni circa la paternità dell'opera.

Il complesso comprendeva la chiesa orientata verso ovest, affiancata sulla destra dal giardino abbaziale porticato, di accesso al monastero, sulla sinistra dalla foresteria con chiostro interno ed alcune fabbriche adibite a servizi (granai, distilleria).

Alle spalle sorgeva il Gran Claustro attorniato dalle celle dei monaci. L'antica chiesa adibita a cella vinaria dai monaci, quindi, scuderia in età napoleonica, fu demolita con gran parte delle fabbriche adiacenti nel secondo decennio dell'ottocento, nell'ambito della ristrutturazione cimiteriale. Soltanto il Gran Claustro e parzialmente l'antica cella del priore (Camerone Bonaccioli) sono tuttora esistenti.

Alla struttura conventuale, qui descritta, si aggiunse poco più a nord, a partire dal 1501, l'edificio della nuova chiesa.

Alla fine del '700 la soppressione degli ordini religiosi e la confisca dei beni ecclesiastici da parte di Napoleone allontanò definitivamente i Padri Certosini da Ferrara e l'antico convento, per i requisiti di isolamento e vastità fu destinato a divenire sede del pubblico Cimitero.

Fu aperto ufficialmente il 3 gennaio del 1813.

Appartiene a questo periodo la fase progettuale di trasformazione dell'antica Certosa in complesso cimiteriale.

Il progetto prescelto ideato dal M.se Fernando Canonici e reso operativo dal 1819, fu in parte modificato dall'architetto stesso nel 1830, senza alterare la configurazione generale del piano già adottato.

Sul lato sud della chiesa fu conservato l'antico Claustro che fu preso a modello per le tipologie architettoniche e ornamentali delle nuove strutture (chiostro di tre lati su cui si innesta un ampio porticato curvilineo).
Per la zona nord della chiesa il disegno propose la realizzazione di un complesso di edifici uguale e simmetrico al precedente. Simmetria dei volumi e omogeneità decorativa sono, infatti, le costanti riscontrabili in questo progetto.

L'attuazione fedele alle linee essenziali tracciate dai Canonici si è protratta per oltre un secolo: nel 1914 ricorrenza del centenario del Cimitero si conclusero i lavori della prima area a sud del Tempio, mentre nel corso dei bombardamenti del 1944 andarono distrutti il campanile, la copertura dell'abside e il frontone sud del transetto.
Gli interventi di ricostruzione ed i restauri si sono susseguiti pressochè ininterrotti dal primo dopoguerra ad oggi, mentre è in via di conclusione pure il cosiddetto "Ampliamento" iniziato verso la fine degli anni '60.

L'intera zona inoltre è stata delimitata, a partire dalle principali vie di accesso, mediante il ripristino delle antiche cancellate (una parte delle quali, si dice, trafugate da Napoleone, fanno bella mostra di sè all'ingresso del Louvre a Parigi).

L'accesso al Cimitero, posto a sud della Chiesa, immette in un chiostro di tre lati delimitante l'area ricavata dalla demolizione della chiesa primitiva.

A questa struttura ottocentesca (Arch. Canonici) è contiguo l'antico Gran Claustro. I 24 archi sui lati maggiori e 16 sui minori (originariamente 20) immettono in un portico coperto da volte a crociera. Cornici in cotto adornano gli archi lungo tutto il perimetro interno. Le colonne sono coronate da un capitello composito.

Al centro del lato prospiciente l'ingresso del Claustro, il famedio, progettato dai Canonici (sola variante alla prima struttura) accoglie la tomba del Duca Borso: un sarcofago in parte incassato nel muro, ornato di festoni, uccelli e cornucopie sbalzati nel marmo, sormontato da una targa e da un medaglione col ritratto del Duca.